A középkor végére népes várossá fejlődik, s neve ekkortól a kolostor templomának védőszentje után "Szentmárton". Az 1500-as évek elején végvárrá alakított kolostor falainál kiépül az iparosok, kereskedők negyede, a Váralja. A török időkben a lakosság hol behódol, hol elmenekül, végül a város elpusztul. A XVIII. század az újraépítés kora: németek és szlávok költöznek a magyar lakosok mellé, a faluképben már megjelennek a gazdálkodás első jelei: (pl: a még ma is álló majorépületek).

A XIX. században a gazdagodó mezőváros járási székhely, közlekedési csomópont, széleskörű kézműiparral, kereskedelmi hálózattal, kisebb üzemekkel.

1965-ben a település neve Győrszentmártonról Pannonhalmára változik. Az 1980-as évek végén a magyar szőlész-borász társadalom elismerve az itt folyó munkát, létrehozta a Pannonhalma-Sokoróalja Borvidéket, amelynek központja Pannonhalma lett. Az országos gazdasági változások mellett részleges profilváltásra is sor került: a magas színvonalú szőlőtermelés mellett az idegenforgalom is meghatározóvá vált. 

2000-ben a település városi rangot kapott, így kistérségi szerepe is megnőtt.. A városban számos étterem, panzió és kemping várja az idelátogató vendégeket. A Pannonhalmát körülölelő dombok csodálatos tölgy- és cserfa erdei a kerékpáros és a bakancsos turizmus kedvelőinek kínálnak felejthetetlen élményeket.